Les temps sont durs, la noirceur des gens a contaminé le monde des Pokemons qui sont plus que jamais en danger. Nombre de mauvaises personnes mettent en esclaves les pokemons, et ce uniquement à cause d'une faim de puissance sans limite. Dans le but de pouvoir régner sur le monde, la Team Rekya, rassemblement de tous les clans mal intentionnés connus jusque là, soumet et utilise toute l'énergie des pokemons, légendaires ou non. Les pauvres créatures sont soumises à une force qui leur est supérieure et n'ont aucun choix.

Alors que, entre autre, Palkia, Dialga, Crehelf, Crefadet et Crefollet étaient soumis à la Team Rekya, alors que le monde ne semblait plus pouvoir se relever de cette aire de crainte et de noirceur, Arceus, source de la création du monde, émit une volonté. Cette volonté s'exprima sous forme d'un oeuf qui se déposa doucement sur le sol détruit d'une des villes d'autrefois. Arceus passa si vite que seuls quelques regards ébahis surprirent sa venue.